تتكون الموارد المالية للمجلس مما يلي :-

• ما يرصد له في الموازنة السنوية للوزارة .
• مساهمة كل من مديرية الخدمات الطبية الملكية وكليات الطب والطب الأسنان والصيدلة في الجامعات الاردنية ونقابة الأطباء ونقابة أطباء الأسنان ونقابة الصيادلة وجمعية المستشفيات الخاصة كما يحددها مجلس الوزراء بناء على تنسيب المجلس .
• المنح والمساعدات والهبات والتبرعات التي ترد اليه ويقبلها المجلس شريطة موافقة مجلس الوزارء عليها اذا كانت من مصدر غير اردني .
• أجور الدورات التدريبية والامتحانات وبعدل اصدار الشهادات والوثائق وفقا للتعليمات التي يصدرها المجلس لهذه الغاية .
• ريع المطبوعات التي يصدرها المجلس .
• الغرامات المنصوص عليها في المادة (21) من هذا القانون .
• البدل المحدد من المجلس لاعتماد المستشفيات المراكز داخل المملكة وخارجها لغايات التدريب .
• عوائد أي أنشطة يقوم بها المجلس .